Ρήγμα στο κυβερνητικό στρατόπεδο φέρνει το Σχέδιο Αθηνά για τις συγχωνεύσεις πανεπιστημιακών Τμημάτων, όπως φάνηκε από την οριακή υπερψήφιση της τροπολογίας που διευκολύνει τη διαδικασία υιοθέτησης του Σχεδίου. Η τροπολογία υπερψηφίστηκε μόνο από 148 βουλευτές της Ν.Δ. και του ΠΑΣΟΚ, ενώ η ΔΗΜ.ΑΡ. καταψήφισε. «Εκτός γραμμής» βρέθηκαν και δύο βουλευτές του ΠΑΣΟΚ, ο Θ. Μωραΐτης κι η Θ. Τζάκρη, που επίσης καταψήφισαν, ενώ απών ήταν ο Απ. Κακλαμάνης. Συνολικά ψήφισαν 275 βουλευτές, με 125 να καταψηφίζουν και δύο να δηλώνουν παρών (Μ. Μπόλαρης και Γ. Κασαπίδης). Την τροπολογία υπερψήφισαν κι οι ανεξάρτητοι βουλευτές Κ. Μαρκόπουλος, Αν. Λοβέρδος και Μ. Ανδρουλάκης, ενώ απόντες ήταν πολλοί χρυσαυγίτες βουλευτές, με τους παρόντες να καταψηφίζουν. Την ονομαστική ψηφοφορία είχαν ζητήσει ο ΣΥΡΙΖΑ ΕΚΜ και δύο ανεξάρτητοι βουλευτές (Γ. Μιχελογιαννάκης και Ν. Νικολόπουλος). Η τροπολογία εντάχθηκε στο νομοσχέδιο για τη δημιουργία Αρχής Διασφάλισης της Ποιότητας στην Πρωτοβάθμια και Δευτεροβάθμια εκπαίδευση.
Παρά την προσπάθεια του υπουργείου να υποτιμήσει τη σημασία της τροπολογίας ως προς την πορεία του Σχεδίου "Αθηνά", η ρύθμιση που υιοθετήθηκε είναι κομβικό στοιχείο για την πορεία του Σχεδίου. Με την τροπολογία δίνεται η δυνατότητα στον υπουργό Παιδείας να ιδρύει, να συγχωνεύει και να καταργεί κατά το δοκούν κατευθύνσεις τμημάτων, τόσο Εισαγωγικές, όσο και Προχωρημένου Εξαμήνου. Βασική παράμετρος της "Αθηνάς" είναι η κατάργηση τμημάτων, κυρίως των ΤΕΙ, με τη διαδικασία της υπαγωγής τους ως κατευθύνσεων σε άλλα τμήματα. Ρύθμιση με εμφανή τον μεταβατικό της χαρακτήρα, αφού με την αποφοίτηση όσον φοιτητών εντάχθηκαν στα τμήματα πριν τη συγχώνευσή τους ο υπουργός θα μπορεί με μια απόφαση να καταργήσει ό,τι έχει απομείνει από αυτό το τμήμα, δηλαδή τη νέα του μορφή ως κατεύθυνση σε άλλο τμήμα.
Η οριακή υπερψήφιση της τροπολογίας με λιγότερους από 151 ψήφους είναι χαρακτηριστική του κλίματος που επικρατεί στο κυβερνητικό στρατόπεδο, αφού το Σχέδιο "Αθηνά" θα έχει σοβαρές επιπτώσεις στις εκλογικές περιφέρειες αρκετών βουλευτών που «χάνουν» τα ακαδημαϊκά τους τμήματα. Το Σχέδιο άλλαξε σε αρκετά σημεία από την αρχική του μορφή μετά από πιέσεις βουλευτών, κυρίως της συμπολίτευσης, όμως ούτε οι αντιρρήσεις της ΔΗΜ.ΑΡ. κάμφθηκαν ούτε το ΠΑΣΟΚ εμφανίστηκε με ενιαία γραμμή. Μπορεί οι περισσότεροι βουλευτές να υπερψήφισαν, όμως τα στελέχη του κόμματος ήταν διχασμένα μέχρι την τελευταία στιγμή, ενώ η νεολαία του κόμματος δηλώνει αντίθετη με το Σχέδιο. Πρόβλημα υπάρχει και στην πλευρά της ΔΗΜ.ΑΡ., η οποία καταψήφισε, πλην όμως ο υφυπουργός Παιδείας και μέλος του κόμματος, Θ. Παπαθεοδώρου, υπερασπίστηκε ουκ ολίγες φορές το Σχέδιο μέσα στη Βουλή.