Η στενή συνεργασία του με τον Αντώνη Σαμαρά ξεκίνησε το 1992, όταν εκείνος ήταν υπουργός Εξωτερικών. Εμπιστεύθηκε στον Τάκη Μπαλτάκο την ΟΚΕ Εξωτερικών και στη θέση αυτή παρέμεινε μέχρι την παραίτηση Σαμαρά. Ακριβώς την ίδια μέρα ο κ. Μπαλτάκος υπέβαλε την παραίτησή του και αποσύρθηκε από την πολιτική. Αυτό μέχρι το 2004. Ήταν η χρονιά που ο Αντώνης Σαμαράς επέστρεψε στην κεντρική πολιτική σκηνή και εκλέγεται ευρωβουλευτής. Το πρώτο πράγμα που έκανε τότε ο σημερινός πρωθυπουργός ήταν να τον καλέσει κοντά του. Αλλά και όταν ο Αντώνης Σαμαράς βρέθηκε στο υπουργείο Πολιτισμού, στα δύσκολα νομικά θέματα ήξερε πάντα πού μπορούσε να απευθυνθεί. Στον Τάκη Μπαλτάκο στηρίχθηκε ο Αντώνης Σαμαράς και αφότου ανέλαβε την προεδρία του κόμματος. Ο γνωστός νομικός εγκαταστάθηκε στη Βουλή και ανέλαβε την «προστασία» του κόμματος στην κοινοβουλευτική διαδικασία. Μετά την είσοδό του στο μέγαρο Μαξίμου, ο Τάκης Μπαλτάκος ορίζεται γραμματέας του υπουργικού συμβουλίου.
Ακροδεξιός και με τον νόμο
Από τη στενή και μακροχρόνια πολιτική συνεργασία με τον πρωθυπουργό αντλούσε τη δύναμή του ο κ. Παναγιώτης Μπαλτάκος και με τη δύναμη αυτή ουκ ολίγες φορές κατάφερνε να επιβάλει τις απόψεις του στη χάραξη της κυβερνητικής πολιτικής. Πριν από μήνες η Εθνική Επιτροπή για τα Δικαιώματα του Ανθρώπου, μετά από συνάντηση του προεδρείου της με τον γενικό γραμματέα της κυβέρνησης, κατήγγειλε την «απαξιωτική και περιφρονητική» του στάση απέναντί της καθώς ο κ. Μπαλτάκος είχε δηλώσει ότι «δεν τον ενδιαφέρουν ως εκπρόσωπο της κυβέρνησης και της Νέας Δημοκρατίας το έργο της επιτροπής και τα δικαιώματα του ανθρώπου ούτε οι σχετικές διεθνείς υποχρεώσεις της χώρας και συνειδητά ως τώρα δεν έκανε τίποτα για να διευκολύνει την απρόσκοπτη λειτουργία της επιτροπής». Πληροφορίες που είχαν δει το φως της δημοσιότητας σχετικά με εκείνη τη συνάντηση έλεγαν ότι ο κ. Μπαλτάκος είχε εκνευριστεί επειδή η επιτροπή κατέγραφε εγκλήματα ρατσιστικής βίας χωρίς αντίστοιχα να καταγράφονται εγκλήματα μεταναστών σε βάρος Ελλήνων. Ο Τάκης Μπαλτάκος ήταν φυσικά ο άνθρωπος που ουσιαστικά «ακύρωσε» το αντιρατσιστικό νομοσχέδιο Ρουπακιώτη, θέτοντας σε κίνδυνο τη συνοχή της τότε τρικομματικής κυβέρνησης.
Η θεωρία των δύο άκρων και η συγκυβέρνηση με τη Χ.Α.
Ο κ. Μπαλτάκος ήταν ένας από τους βασικούς εμπνευστές της θεωρίας των δύο άκρων και υπέρμαχος της αντίληψης ότι πρέπει να υπάρξει ρεβάνς σε βάρος της Αριστεράς που ηγεμόνευσε ιδεολογικά σε όλη τη διάρκεια της Μεταπολίτευσης. Ήταν δε μεταξύ των συνεργατών του πρωθυπουργού που εισηγούνταν στον κ. Σαμαρά την προετοιμασία του εδάφους για μία κυβέρνηση της όλης Δεξιάς, με τη συμμετοχή και της Χρυσής Αυγής, με επιχείρημα ότι η Ακροδεξιά, όταν συμμετέχει σε κυβερνήσεις, «αστικοποιείται» και χάνει τα μαξιμαλιστικά της χαρακτηριστικά. Είναι ο ίδιος που δήλωνε, με όλη του την άνεση, σε δημοσιογράφους στους διαδρόμους της Βουλής πως η Ν.Δ. είναι έτοιμη να συνεργαστεί και με τη Χρυσή Αυγή, αν παραστεί ανάγκη. Είναι ο ίδιος που εμπνεύστηκε την τροπολογία του άρθρου 19 του Μεταναστευτικού Κώδικα για τις απελάσεις μεταναστών, που αποδεικνύεται ότι καταγγέλλουν ψευδώς ρατσιστική βία από τα Σώματα Ασφαλείας και υποχρέωσε τον Επίτροπο του Συμβουλίου της Ευρώπης για τα Ανθρώπινα Δικαιώματα, Νιλς Μουίζνιεκς να καλέσει τους βουλευτές να καταψηφίσουν την τροπολογία, καθώς ενισχύει την ατιμωρησία των αστυνομικών αρχών σε θέματα ρατσιστικής βίας και αποδυναμώνει τα ανθρώπινα δικαιώματα. Ο κ. Μπαλτάκος προτού δηλώσει φανατικός αντικομουνιστής σε παλαιότερη συνέντευξή του υποστήριζε πως η κυβέρνηση Σαμαρά «δεν μπορεί να θίγει πυλώνες του κράτους, όπως είναι η Εκκλησία και οι ένοπλες δυνάμεις».
Η «εμμονή» Μπαλτάκου με τις ένοπλες δυνάμεις
Στρατιωτικοί κύκλοι συνήθιζαν να κάνουν λόγο για «εμμονή Μπαλτάκου» όσον αφορά το συστηματικό ενδιαφέρον και την παρασκηνιακή εμπλοκή τού μέχρι χτες γραμματέα του υπουργικού συμβουλίου σε θέματα των ενόπλων δυνάμεων. Όσοι γνωρίζουν την πορεία του δεν εκπλήσσονται, αφού είναι γνωστό ότι έχει πολύ στενή σχέση με τις ένοπλες δυνάμεις, όχι τώρα, αλλά εδώ και πάρα πολλά χρόνια, με ιδιαίτερο ενδιαφέρον στη Σχολή Ευελπίδων και τη ΜΥΚ. Τον Δεκέμβριο του 2012 ο κ. Μπαλτάκος έκανε διάλεξη στη Σχολή Ευελπίδων με θέμα τη «Σπαρτιάτικη Στρατιωτική Αγωγή» και την περίφημη κρυπτεία. Δεν είναι τυχαίο ότι οι ακροδεξιοί ευέλπιδες που έδωσαν το γνωστό χουντικό σόου στην επέτειο της εξέγερσης του Πολυτεχνείου στη Σχολή «έπεσαν στα μαλακά», με παρέμβαση του γ.γ. της κυβέρνησης. Την ίδια εποχή ο κ. Μπαλτάκος άνοιξε πραγματικό πόλεμο κατά του ΣΥΣΜΕΔ, τη συνδικαλιστική έκφραση των στρατιωτικών ώστε να καμφθούν αντιδράσεις τους έναντι των τεράστιων περικοπών σε μισθούς και συντάξεις στις ένοπλες δυνάμεις. Το σχέδιο Μπαλτάκου προέβλεπε ουσιαστικά «καταστολή» ακόμη και... υποψίας συνδικαλιστικής δράσης εντός του στρατεύματος. Η «εμμονή» του Τάκη Μπαλτάκου ξεκίνησε από την εποχή που υπηρετούσε στο Πολεμικό Ναυτικό και έτυχε να έρθει σε επαφή με τους βατραχανθρώπους της ΜΥΚ. Έκτοτε η σχέση του με τη ΜΥΚ ήταν πάντα στενή και για τον λόγο έκανε «ό,τι περνούσε από το χέρι του» ως άνθρωπος του πρωθυπουργού ώστε να φοιτήσει στην εν λόγω σχολή και ο γιος του. Παράλληλα, δεν είναι τυχαίο πως επιχειρηματίες με τους οποίους είχε ιδιαίτερα φιλική σχέση ως δικηγόρος τους δεν φείδονταν στις ευεργεσίες τους προς τη ΜΥΚ. Ένα ταχύπλοο είχε δωρίσει το 2004 ο κ. Θεόδωρος Αγγελόπουλος, στολές και εξοπλισμό η οικογένεια Γιαννακόπουλου πριν από λίγες ημέρες. Όσο για τον γιο του, και συγκεκριμένα μετά την ορκωμοσία του ως βατραχάνθρωπος, με εισήγηση του κ. Μπαλτάκου εισήχθη σε νομοσχέδιο του υπουργείου Υγείας τροπολογία που προέβλεπε την επιχειρησιακή αναβάθμιση της Μονάδας Υποβρυχίων Καταστροφών του Λιμενικού, ώστε να λαμβάνει επίδομα «υψηλής επικινδυνότητας» και όχι μόνο.