Ως ένα "σχέδιο νόμου κατώτερο των περιστάσεων και δέσμιο ενός ελληνοχριστιανικού συντηρητισμού, το οποίο αντιμετωπίζει την ελεύθερη εκδήλωση θρησκευτικών και άλλων πεποιθήσεων ως διακινδύνευση της κοινωνικής συνοχής και τάξης και στην ουσία δεν προστατεύει, αλλά περιορίζει τη θρησκευτική ελευθερία την οποία θέτει υπό τον κρατικό έλεγχο" χαρακτηρίζει η Ελληνική Ένωση για τα Δικαιώματα του Ανθρώπου (ΕΕΔΑ) το σχέδιο νόμου για την «οργάνωση της νομικής μορφής των θρησκευτικών κοινοτήτων και των ενώσεων τους στην Ελλάδα» που έθεσε σε δημόσια διαβούλευση.
Στη νομοθετική αυτή προσπάθεια το υπουργείο Παιδείας και Θρησκευμάτων ουδόλως αξιοποιεί προγενέστερη πλήρη επεξεργασία σχεδίου νόμου της Εθνικής Επιτροπής για τα Δικαιώματα του Ανθρώπου -το αρμόδιο θεσμικό όργανο για τη διαμόρφωση προτάσεων πολιτικής σε θέματα δικαιωμάτων του ανθρώπου-, όπως σημειώνεται.
Σύμφωνα με την ΕΕΔΑ, το σχέδιο νόμου αγνοεί τον οικουμενικό χαρακτήρα των θρησκειών και αναδεικνύει ως υποκείμενο των ρυθμίσεών του τις τοπικές (ούτε καν εθνικές) θρησκευτικές κοινότητες.
Επιπλέον, σύμφωνα με την Αιτιολογική του Έκθεση, επιδιώκει, δήθεν, να ομογενοποιήσει τη νομική προσωπικότητα των θρησκευτικών κοινοτήτων, στην πράξη ωστόσο διαμορφώνει ένα πλαίσιο διαφορετικών ταχυτήτων για τις θρησκευτικές κοινότητες και τη λειτουργία τους. Το ίδιο πράττει και για την ίδρυση των χώρων λατρείας: δεν καταργεί το ισχύον νομικό πλαίσιο της δικτατορίας Μεταξά, επεμβαίνει αδικαιολόγητα στην αυτοδιοίκηση των θρησκευτικών κοινοτήτων και θέτει, ως ανυπέρβλητο εμπόδιο για την σύσταση θρησκευτικών νομικών προσώπων, την αίτηση τουλάχιστον τριακοσίων πιστών (άρθρο 2 Σχεδίου Νόμου), όταν το Συμβούλιο της Επικρατείας έχει νομολογήσει ότι για την ίδρυση χώρων λατρείας επαρκούν επτά πιστοί (ΣτΕ 1842/1992), και βεβαίως αγνοώντας ότι η θρησκευτική πίστη δεν μετράται με αριθμούς, με συνέπεια να είναι προφανέστατος ο σκοπός του εν λόγω ορίου.
Τέλος, "ορίζοντας ως αίτιο διάλυσής του την ανήθικη ή την ενάντια προς τη δημόσια τάξη λειτουργία του (άρθρο 10, παράγραφος γ), αφήνει ανοιχτό το πεδίο για αυθαίρετους ορισμούς περί ηθικού και μη ηθικού, παρέχοντας απλόχερα στην Ορθόδοξη Εκκλησία -και όχι μόνο- το δικαίωμα να καλλιεργεί κατά το δοκούν ηθικούς πανικούς και το κράτους να προστρέχει ως προστάτης της ηθικής τάξης.