Το Εθνικό Ίδρυμα Ερευνών ιδρύθηκε το έτος 1958 και το ιδρυτικό του διάταγμα προσδιόριζε τους σκοπούς του στην ενίσχυση των επιστημονικών ερευνών στη χώρα και την εξασφάλιση ευκαιριών απασχόλησης σε ικανούς Έλληνες επιστήμονες.
Το επιβλητικό κτήριο του Εθνικού Ιδρύματος Ερευνών επί της λεωφόρου Βασιλέως Κωνσταντίνου στεγάζει τρία ανθρωπιστικά ινστιτούτα, που επιτελούν μοναδικό έργο στη χώρα, καλύπτοντας όλες τις περιόδους της Ιστορίας του ελληνισμού, τρία θετικά ινστιτούτα που εστιάζουν στη Χημεία και τη Βιολογία, καθώς και το Εθνικό Κέντρο Τεκμηρίωσης που παρέχει υπηρεσίες ηλεκτρονικής πληροφόρησης σε ζητήματα έρευνας και τεχνολογίας.
Η πρωτοβουλία για την ίδρυσή του φαίνεται να ανήκει στους Κ.Θ. Δημαρά και Ιωάννη Πεσμαζόγλου. Σημαντικό ρόλο στην πρώτη περίοδο της λειτουργίας του διαδραμάτισαν ο καθηγητής του ΕΚΠΑ Καίσαρ Αλεξόπουλος καθώς και ο Διονύσιος Ζακυθηνός, διευθυντής του Κέντρου Βυζαντινών Ερευνών.
Από την ίδρυσή του, το ΕΙΕ προγραμμάτισε την οριστική λύση του στεγαστικού του προβλήματος, που οδήγησε στη θεμελίωση το 1965 του σημερινού του κτηρίου σε δημόσιο χώρο.
Η κατασκευή του πενταόροφου κτηρίου και της Βιβλιοθήκης έγινε σε σχέδια Κ. Δοξιάδη και Δ. Πικιώνη. Στο νέο του κτήριο το Εθνικό Ίδρυμα Ερευνών εγκαταστάθηκε το 1967, εγκαταλείποντας τους νοικιασμένους χώρους της λεωφόρου Βασιλίσσης Σοφίας 4.
Από το έτος 1990 προστέθηκε στο κτήριο και 6ος όροφος.
