Την παραίτησή του από τη θέση του γενικού γραμματέως του υπουργείου Αγροτικής Ανάπτυξης και Τροφίμων, υπέβαλε ο Ν. Στουπής, για λόγους αυστηρά προσωπικούς και επαγγελματικούς, όπως έχει ήδη εξηγήσει στον πρωθυπουργό, αλλά και στον υπουργό Αγροτικής Ανάπτυξης.
Ο ίδιος στη δήλωση, που συνόδευσε την είδηση της επίσημης παραίτησής του, σημειώνει ότι είχε διατυπώσει αίτημα αντικατάστασής του εδώ και 40 ημέρες στον πρωθυπουργό και τον αρμόδιο υπουργό, για λόγους ανυπέρβλητους, αυστηρά προσωπικούς και επαγγελματικούς, προσθέτοντας ότι "οποιαδήποτε ερμηνεία της επιλογής μου αυτής δεν έχει ουδεμία βάση".
Όπως τονίζει πιστεύει απόλυτα στη μακροημέρευση της κυβέρνησης, σε θετικά αποτελέσματα των ιστορικών ευθυνών, που έχει αναλάβει, κι εκφράζει την ελπίδα σε επόμενη φάση να έχουν εκλείψει οι αιτίες των προβλημάτων που τον απασχολούν και να ξανασυμμετάσχει ενεργά και ανεξαρτήτου θέσεως στη συλλογική προσπάθεια.
Από την πλευρά του ο υπουργός, Β. Αποστόλου χαρακτήρισε απώλεια για το ΥΠΑΑΤ την αποχώρηση του Ν. Στουπή, επισημαίνοντας ότι στο διάστημα που υπηρέτησε την κυβέρνηση από το κρίσιμο αυτό πόστο, δούλεψε σκληρά και κυρίως αποτελεσματικά. Ανέφερε ότι "δεν θα σταματήσουμε να συνεργαζόμαστε" προσβλέποντας στη συμβολή του, έστω και άτυπα, σημειώνοντας ότι συνδέονται με πολιτικούς αλλά και προσωπικούς δεσμούς και θα υπάρξουν στο μέλλον πολλές ευκαιρίες κοινών αγώνων.
