Η διαδρομή στην Δικαιοσύνη και την πολιτική του Χρήστου Σαρτζετάκη, γιου ενός χωροφύλακα και μιας κόρης μακεδονομάχου, τον έφερε αρκετές φορές αντιμέτωπο με το δίλημμα του αν θα υπηρετήσει πρώτα το νόμο ή τις ιδεολογικές και προσωπικές του απόψεις, σε ζητήματα που ήταν σε κάποιες περιπτώσεις κορυφαία στην πατρίδα μας στη συγκεκριμένη χρονική συγκυρία. Ο τρόπος με τον οποίο αντέδρασε και λειτούργησε, σε άλλες περιπτώσεις τον ανέδειξε σε πρότυπο, σε άλλες προκαλεί απορίες σε όποιον δεν έχει μία βασική έστω εικόνα για την ιδιοσυγκρασία του ανθρώπου, που τελικά έφτασε να υπηρετήσει το κορυφαίο πολιτειακό αξίωμα της χώρας.
Η πρώτη γνωστή σημαντική «συνάντηση» του Χρήστου Σαρτζετάκη με υποθέσεις που χρωματίζονται έντονα από την πολιτική σύγκρουση στην Ελλάδα έρχεται το 1961 κατά την περίοδο που ήταν ανακριτής στο Αγρίνιο, στην υπόθεση του Μιχάλη Παπαμαύρου. Ο τελευταίος ήταν ένας από τους σημαντικότερους αριστερούς εκπαιδευτικούς ήδη το πρώτο μισό του 20ου αιώνα, με σημαντικό έργο και πολλές διώξεις λόγω των φρονημάτων του και του αναρτεπτικού για την εποχή επιστημονικού του έργου και συστηματική εμπλοκή στα θέματα Παιδείας κατά την περίοδο της Αντίστασης. Το 1945 συνελήφθη και εξορίστηκε στη Γυάρο, πριν αποφυλακιστεί το 1952 αφού πέρασε από τις φυλακές Αίγινας και τις φυλακές Αβέρωφ. Η υπόθεση την οποία κλήθηκε να εξετάσει ως ανακριτής ο Χρήστος Σαρτζετάκης αφορούσε το βιβλίο που συνέγραψε αμέσως μετά, το «Σύστημα Νέας Παιδαγωγικής», που εκδόθηκε στην Αθήνα, το 1961. Θεωρείται το πρώτο ολοκληρωμένο έργο μαρξιστικής παιδαγωγικής στην Ελλάδα, το οποίο πουλούσε ο ίδιος σε εκπαιδευτικούς, επισκεπτόμενος τα σχολεία. Από την ανάκριση παραπέμφθηκε σε δίκη για επιδίωξη «εφαρμογής ιδεών εχουσών ως έκδηλον σκοπόν την δια βιαίων μέσων ανατροπήν του πολιτεύματος», παράνομη έκδοση και διανομή εντύπων, παράλειψη αναγραφής της διεύθυνσης του συγγραφέα, του τυπογράφου κλπ και προφυλακίστηκε. Τελικά το δικαστήριο τον αθώωσε, ωστόσο ένα μόλις χρόνο μετά πέθανε, σε ηλικία 72 ετών.
Δύο μόλις χρόνια μετά από αυτή την υπόθεση, ο Σαρτζετάκης βρίσκεται στη Θεσσαλονίκη και υπηρετεί στο Πρωτοδικείο το 1963, όταν το παρακράτος της Δεξιάς οργανώνει και εκτελεί το σχέδιο δολοφονίας του βουλευτή της Αριστεράς Γρηγόρη Λαμπράκη. Η επίθεση με το τρίκυκλο που οδηγούσε ο Σπύρος Γκοτζαμάνης, οδηγεί στο χτύπημα του Λαμπράκη από τον Μανώλη Εμμανουηλίδη που βρίσκεται στην καρότσα, αλλά η κινηματογραφική επέμβαση του Μανώλη Χατζηαποστόλου που τους ακινητοποιεί, οδηγεί στη σύλληψή τους. Ωστόσο οι Αρχές και η τότε κυβέρνηση Καραμανλή (η γνωστή των εκλογών "βίας και νοθείας" του 1961) υιοθετούν την εκδοχή του «τροχαίου δυστυχήματος». Ο Σαρτζετάκης πραγματοποιεί την ανακριτική διαδικασία με εξαιρετικό τρόπο, κόντρα σε όλες τις παρεμβάσεις και πιέσεις, αναδεικνυόμενος διεθνώς σε πρότυπο της Δικαιοσύνης, κάτι που μετουσιώθηκε και στην ταινία "Z" του Κώστα Γαβρά.
Μία ακόμη σύγκρουση με την συντηρητική και πολιτικά χρωματισμένη Δικαιοσύνη του επιφυλλάσσει η πορεία του και αμέσως μετά τη Χούντα. Το 1976 όντας πλέον Εφέτης, συμμετέχει στην κρίση του αιτήματος της Δυτικής Γερμανίας να εκδοθεί εκεί ο Ρολφ Πόλε ως τρομοκράτης, μετά τη σύλληψή του στην Αθήνα. Με το κίνημα συμπαράστασης να βράζει στη χώρα μας, τρεις Εφέτες, μεταξύ τους ο Χρήστος Σαρτζετάκης, πλειοψηφούν υπέρ του να απορριφθεί το αίτημα έκδοσης επειδή αφορά κατηγορίες για πολιτικά εγκλήματα, κατά συνέπεια η έκδοση είναι αντισυνταγματική. Για αυτή την θέση τους διώχθηκαν πειθαρχικά από τον εισαγγελέα του Άρειου Πάγου.
Υπάρχει ωστόσο μία ακόμη υπόθεση, αυτή τη φορά την περίοδο που ο Χρήστος Σαρτζετάκης διατελούσε ΠτΔ και την απόδοση χάριτος στον ισοβίτη Χρήστο Ρούσσο για την δολοφονία του συντρόφου του (υπόθεση που έχει μοναδικά απαθανατιστεί στον κινηματογράφο από την ταινία «Άγγελος» του Γιώργου Κατακουζηνού (1982). Παρότι πληρούντο οι προϋποθέσεις και το Συμβούλιο Χαρίτων είχε εισηγηθεί θετικά, ο Σαρτζετάκης αρνήθηκε να προχωρήσει σε αυτή την κίνηση, γεγονός που πολλοί απέδωσαν σε ομοφοβικές θέσεις. Έμεινε άλλωστε στην ιστορία η σύγκρουσή του με την τότε κυβέρνηση Ανδρέα Παπανδρέου, όπως και η φράση του στην αιτιολογία του που εστίαζε στο ότι ο Ρούσσος «δεν επρόκειτο για έναν δολοφόνο αλλά για έναν ομοφυλόφιλο και, μάλιστα, παθητικό».
