Απορρίφθηκε με σειρά αποφάσεων από το Συμβούλιο της Επικρατείας η προσφυγή που είχε καταθέσει σχεδόν σύσσωμη η πανεπιστημιακή κοινότητα, με την οποία ζητούσε να ακυρωθούν ως αντισυνταγματικές και παράνομες οι υπουργικές αποφάσεις για την ηλεκτρονική ψηφοφορία ανάδειξης των οργάνων των Ανώτατων Εκπαιδευτικών Ιδρυμάτων, την ταξινόμηση ψήφου, τη διαδικασία εκλογής συμβούλων διοίκησης, κ.λπ., όπως προβλέπονταν στον νόμο - πλαίσιο της Άννας Διαμαντοπούλου για το αυτοδιοίκητο των πανεπιστημίων.
Στην προσφυγή που συνυπέγραφαν 19 πανεπιστήμια, τέσσερις πρυτάνεις, δύο αντιπρυτάνεις και 49 καθηγητές, με την εφαρμογή του επίμαχου νομοθετικού πλαισίου υπήρχε παραβίαση του άρθρου 16 του Συντάγματος με το οποίο καθιερώνεται το αυτοδιοίκητο των ΑΕΙ και η ακαδημαϊκή ελευθερία. Κι αυτό καθώς οι διατάξεις του νόμου προβλέπουν την εκλογή εξωτερικών μελών που δεν ανήκουν στην πανεπιστημιακή κοινότητα, τα οποία θα διοικούν τα ΑΕΙ μαζί με τους πανεπιστημιακούς.
Όπως αναφέρονταν χαρακτηριστικά στην προσφυγή, "το γεγονός ότι τα εξωτερικά μέλη του ιδρύματος επιλέγονται από τα εσωτερικά μέλη, δηλαδή από πρόσωπα που ανήκουν στην οικεία πανεπιστημιακή κοινότητα και εκλέγονται από αυτήν, δεν θεραπεύει ούτε την έλλειψη οιασδήποτε ακαδημαϊκής νομιμοποίησης, ούτε καλύπτει την αντισυνταγματικότητα της σχετικής ρύθμισης, δεδομένου ότι το άρθρο 16 παράγραφος 5 εδάφιο α΄ του Συντάγματος δεν κατοχυρώνει απλώς την 'αυτοδιοίκηση' των ΑΕΙ, όπως το άρθρο 16 του Συντάγματος του 1952, αλλά επιτάσσει την 'πλήρη αυτοδιοίκησή' τους, που περιλαμβάνει και την επιλογή των μελών των οργάνων της διοίκησης τους μέσα από τα μέλη της οικείας πανεπιστημιακής κοινότητας".
Διαφορετική άποψη ωστόσο είχε η ολομέλεια του ΣτΕ που με τις υπ' αριθμόν 519-525/2015 αποφάσεις της απέρριψε το σύνολο των ισχυρισμών της πανεπιστημιακής κοινότητας ως αβάσιμων, κρίνοντας ότι ο νόμος είναι εντός του συνταγματικού πλαισίου.
