Παρά τις έντονες διαμαρτυρίες που επέφερε το σχέδιο Αθηνά στα Πανεπιστήμια και ΤΕΙ όλης της χώρας η κυβέρνηση το επαναφέρει ελάχιστα διαφοροποιημένο ως προς τις αρχικές του κατευθύνσεις. Το τελικό σχέδιο του υπουργείου παιδείας προβλέπει την κατάργηση ή συγχώνευση 129 τμημάτων ΑΕΙ και ΤΕΙ ενώ 26 τμήματα θα κλείσουν οριστικά το 2018.
Η αρχική πρόταση περί ομοσπονδιοποίησης των ιδρυμάτων αντικαθίσταται από την πρόταση για το σχηματισμό μεγάλων κοινοπραξιών μεταξύ Πανεπιστημίων, Τεχνολογικών Ιδρυμάτων και ερευνητικών κέντρων. Στην κατεύθυνση αυτή δημιουργείται Κοινοπραξία μεταξύ του Ιόνιου Πανεπιστημίου και του ΤΕΙ Ιονίων νήσων.
Ενώ οι αντιδράσεις φουντώνουν ο υπουργός παιδείας Κ. Αρβανιτόπουλος δήλωσε: «Ο νέος ακαδημαϊκός χάρτης είναι αποτέλεσμα της μέγιστης εφικτής σύνθεσης και συναίνεσης όλων των συμμετεχόντων στη διαβούλευση, καθώς ενσωματώνει όλες τις δημιουργικές και τεκμηριωμένες προτάσεις, οι οποίες κατατέθηκαν από τα Ιδρύματα, τα Κόμματα που στηρίζουν την Κυβέρνηση, αλλά και τα Κόμματα της Αντιπολίτευσης, κατά τη διάρκεια της συζήτησης στην Επιτροπή Μορφωτικών Υποθέσεων της Βουλής».