Το μόνο ναυάγιο της ισπανικής θαλασσοκρατίας, επί εποχής Φιλίππου Β΄, που χρονολογείται λίγο μετά τη ναυμαχία της Ναυπάκτου, καταδεικνύουν τα στοιχεία της συστηματικής υποβρύχιας ανασκαφής που ολοκληρώθηκε για φέτος στην Ζάκυνθο, υπό τη διεύθυνση της προϊσταμένης 2ης ΕΒΑ , αρχαιολόγου Κατερίνας Δελλαπόρτα. Σύμφωνα με την ανασκαφή, ο ξύλινος σκελετός του πλοίου διατηρείται σε σημαντικότατο βαθμό, επιτρέποντας τη μελέτη της μεταβατικής τεχνικής της ναυπηγικής του 15ου - 16ου αι. Κατά την ανασκαφή βρέθηκαν ασημένια νομίσματα διαφόρων κοπών του Φιλίππου Β΄ και τα αρχικά εγχάρακτης λαβής όπλου με σταυρό, που έχει μέχρι τώρα εντοπισθεί σε ελληνικά χωρικά ύδατα.
Εκτός από τα ναυπηγικά δομικά στοιχεία του σκάφους, τα υπόλοιπα ευρήματα ανήκουν στον εξοπλισμό του πλοίου, όπως μεταλλικά συσσωματώματα, στην καθημερινή ζωή των αξιωματικών, όπως χρηστική και λεπτή κεραμεική, φαγεντιανή και μαγιόλικα, μεταλλικά μαγειρικά σκεύη και υπολείμματα τροφών. Κυρίαρχη παρουσία στο φορτίο έχουν τα διάσπαρτα στον βυθό φουντούκια που διατηρούνται σε άριστη κατάσταση.
Ο ξύλινος σκελετός του ναυαγίου της Ζακύνθου διατηρείται σε σημαντικό βαθμό, γεγονός σπάνιο για το μεσογειακό οικοσύστημα. Δεδομένου ότι η ανέλκυση, συντήρηση και έκθεση των ξύλινων ναυαγίων δεν είναι πάντοτε οικονομικά εφικτή, δίνεται διεθνώς έμφαση στην προστασία και διαχείριση των ναυαγίων in situ, αρχή κατοχυρωμένη από τη Σύμβαση της Unesco για την Προστασία της Υποβρύχιας Πολιτιστικής Κληρονομιάς. Έτσι, για την προστασία του αρχαιολογικού χώρου το ναυάγιο καλύφθηκε με γωΰφασμα.
Η υποβρύχια ανασκαφή πραγματοποιήθηκε από τα μέσα Σεπτεμβρίου μέχρι τις 6 Οκτωβρίου με χρηματοδότηση του Οργανισμού Λιμένος Πειραιώς, την τεχνική υποστήριξη του ΥΕΝ - Λ/Χ Ζακύνθου και με τη συμβολή σε διάθεση προσωπικού του Δήμου Πειραιώς και του Μουσείου Πειραιώς.
