Σήμα κινδύνου για τις επιπτώσεις από τη διακοπή των έργων επαναπλημμυρισμού της Κάρλας, αλλά και για την υποβάθμιση της ποιότητας των νερών της εκπέμπει το Πανελλήνιο Δίκτυο Οικολογικών Οργανώσεων.
Όπως επισημαίνει σε ανακοίνωσή του, η λίμνη επιβαρύνεται από βαρέα μέταλλα των επιφανειακών ιζημάτων, ενώ παρατηρούνται φαινόμενα ευτροφισμού. Επιπλέον τα επιμέρους έργα του επαναπλημμυρισμού της Κάρλας σταμάτησαν και δεν τροφοδοτείται πλέον ο ταμιευτήρας με νερό από τον Πηνειό εδώ και 20 μήνες, παρότι η διαδικασία πλήρωσής του ξεκίνησε από τις αρχές του έτους 2009 χωρίς να τηρούνται αρκετοί από τους περιβαλλοντικούς όρους του έργου.
Την άνοιξη και το καλοκαίρι, σε περιόδους δηλαδή λειψυδρίας, αναιτιολόγητα και κατά παράβαση θεμελιώδους περιβαλλοντικού όρου είναι ανοιχτό το θυρόφραγμα της Κάρλας. Αυτές τις μέρες το νερό φεύγει σαν ποτάμι από το θυρόφραγμα και διαμέσου της σήραγγας χύνεται στον Παγασητικό κόλπο με σοβαρότατες συνέπειες για το περιβάλλον.
Το Δίκτυο στηλιτεύει τη συμπεριφορά των υπευθύνων υπογραμμίζοντας: "Οι φορείς, είτε αυτός λέγεται Φορέας Διαχείρισης Κάρλας, είτε λέγεται Ειδική Υπηρεσία Δημοσίων Έργων (ΕΥΔΕ) Κάρλας, είτε λέγεται υπουργείο Υποδομών ή Περιβάλλοντος, είτε λέγεται Περιφέρεια Θεσσαλίας, είτε λέγεται Δήμος Ρ. Φεραίου, δεν συντονίζονται στις δράσεις τους για την προστασία της λίμνης, με αποτέλεσμα να υπάρχουν δυσλειτουργίες στην κατασκευή, τη λειτουργία και τον έλεγχο του έργου, με αλληλοεπικαλύψεις και μεταβίβαση σε αλλήλους αρμοδιοτήτων και ευθυνών».
