Στη Δικαιοσύνη για το σχέδιο «Αθηνά» προσφεύγει το Πανεπιστήμιο Αιγαίου προκειμένου να υπερασπιστεί, όπως δηλώνει η πρυτανική αρχή, τον πολυετή στρατηγικό σχεδιασμό του ιδρύματος και την αξιοπρέπεια των μελών της πανεπιστημιακής κοινότητας. Η πρυτανική αρχή κάνει λόγο για συστηματική ύπαρξη δύο μέτρων και δύο σταθμών στην εφαρμογή των κριτηρίων αναδιάρθρωσης του χάρτη ανώτατης εκπαίδευσης.
Συγκεκριμένα, το Πανεπιστήμιο Αιγαίου διαμαρτύρεται διότι παρά τη σχετική δέσμευση της ηγεσίας του υπουργείου Παιδείας, δεν ενεργοποιείται η εγκεκριμένη από το 2009 Πολυτεχνική Σχολή, ενώ αντιθέτως δημιουργείται από το 2015 αντίστοιχη σχολή στο Πανεπιστήμιο Ιωαννίνων. Το γεγονός της μη ενεργοποίησης της Πολυτεχνικής Σχολής προκαλεί έκπληξη, καθώς ήδη λειτουργούν τρία τμήματα μηχανικών επί μία δεκαετία. Επιπροσθέτως, η μη ίδρυσή της δημιουργεί σοβαρά προβλήματα λειτουργίας στα Τμήματα μηχανικών πενταετούς φοίτησης που εντάσσονται σε σχολές με Τμήματα τετραετούς φοίτησης. Τέλος, η ίδρυση της Σχολής δεν επιφέρει κανένα επιπρόσθετο κόστος για το κράτος.
Δεύτερον, η λειτουργία του Τμήματος Ψυχολογίας του ΕΚΠΑ είναι αναμφίβολα θετική και χρήσιμη, αλλά έρχεται σε αντίθεση με τη δηλωμένη άποψη του υπουργείου Παιδείας ότι δεν ενεργοποιούνται νέα Τμήματα, στο πλαίσιο του Σχεδίου «Αθηνά». Βάσει του επιχειρήματος αυτού δεν ενεργοποιήθηκαν τα δυο Τμήματα Τουρισμού του Πανεπιστημίου Αιγαίου και του Πανεπιστημίου Πειραιά, παρ' ότι δεν επιφέρουν κανένα νέο κόστος στον κρατικό προϋπολογισμό. Φαίνεται ότι το έργο των Τμημάτων αυτών μπορεί, κατά το υπουργείο, να ανατεθεί στα Κολέγια!
Τέλος, το Πανεπιστήμιο Αιγαίου έχει διατυπώσει τη διαφωνία του για τη συγχώνευση του Τμήματος Μαθηματικών με το Τμήμα Στατιστικής & Αναλογιστικών Μαθηματικών της Σχολής Θετικών Επιστημών της Σάμου και επικαλείται γνωμοδότηση της ΑΔΙΠ, από την οποία προκύπτει ότι δεν τηρήθηκαν τα κριτήρια του υπουργείου Παιδείας.
