Δεν αναγνωρίζει τη Σύνοδο της Κρήτης ως Μεγάλη και Αγία Σύνοδο το Πατριαρχείο της Αντιόχειας, το οποίο είχε αρνηθεί να συμμετάσχει στις εργασίες της μαζί με τα Πατριαρχεία Μόσχας, Βουλγαρίας και Γεωργίας. Το Πατριαρχείο Αντιόχειας σε ανακοίνωσή του σημείωσε ότι αρνείται να αποδώσει συνοδικό χαρακτήρα «σε οποιανδήποτε ορθόδοξο συνέλευση, στην οποία δεν συμμετέχουν όλες οι Ορθόδοξοι Αυτοκέφαλοι Εκκλησίες». Το Πατριαρχείο Αντιόχειας αποφάσισε να θεωρήσει την Αγία και Μεγάλη Σύνοδο της Κρήτης ως «μία προκαταρκτική Συνέλευση της Πανορθοδόξου Μεγάλης Συνόδου».
Αυτό σημαίνει ότι το Πατριαρχείο Αντιόχειας δεν αντιμετωπίζει τα κείμενα που αποφασίστηκαν στην Σύνοδο ως τελικά, αλλά «ανοιχτά προς συζήτηση και πρός τυχόν τροποποιήσεις όταν συγκληθεί η Μεγάλη Σύνοδος της Ορθοδόξου Εκκλησίας με την παρουσία και τη συμμετοχή όλων των Ορθοδόξων Αυτοκέφαλων Εκκλησιών». Επίσης, ξεκαθάρισε ότι όλες οι αποφάσεις που πάρθηκαν στην Κρήτη «δεν δεσμεύουν κατά οποιονδήποτε τρόπο το Πατριαρχείο Αντιοχείας και πάσης Ανατολής».
Το Πατριαρχείο Αντιόχειας διατηρεί καλές σχέσεις με το Πατριαρχείο της Μόσχας, όπως και τα υπόλοιπα διαφωνούντα Πατριαρχεία, παρ' όλα αυτά αρνήθηκε ότι οι λόγοι της απουσίας του από τη Σύνοδο έχουν γεωπολιτική βάση, δηλαδή ότι συνδέονται με τη στρατηγική συμμαχία των κυβερνήσεων Ρωσίας-Συρίας. Οι λόγοι που επικαλέστηκε το Πατριαρχείο Αντιόχειας ήταν η μη έγκαιρη επίλυση του ζητήματος της εισπήδησης του Πατριαρχείου Ιεροσολύμων στο Κατάρ και οι διαφωνίες του με κείμενα της Συνόδου, όπως αυτό για τον γάμο.
