Μέχρι τη 15η Μαΐου οι ιδιοκτήτες ή χρήστες υφιστάμενων γεωτρήσεων και πηγαδιών, ενεργών και ανενεργών υποχρεούνται να υποβάλουν αίτηση για εγγραφή στο ηλεκτρονικό "Εθνικό Μητρώο Σημείων Υδροληψίας", όπως και αυτών τα οποία αδειοδοτήθηκαν πριν από το τέλος του 2005, ανεξαρτήτως του αν διαθέτουν ή όχι άδεια χρήσης νερού, όπως προβλέπει Σχέδιο Κοινής Υπουργικής Απόφασης που δημοσιοποίησε χθες το ΥΠΕΚΑ.
Από τις τραγικά υποστελεχωμένες Διευθύνσεις Υδάτων των Αποκεντρωμένων Διοικήσεων, στις οποίες ανατίθεται η διαχείριση του μητρώου, θα γίνεται η εγγραφή των νέων σημείων υδροληψίας, στα οποία χορηγείται άδεια χρήσης νερού μετά τη θεσμοθέτηση της ΚΥΑ. Παρομοίως και για τα σημεία υδροληψίας που έχει υποβληθεί αίτηση χορήγησης ή ανανέωσης άδειας χρήσης νερού, όπως "και για υφιστάμενα σημεία υδροληψίας, τα οποία αδειοδοτήθηκαν για πρώτη φορά μετά την 20.12.2005, ανεξαρτήτως του εάν η άδεια χρήσης νερού είναι σε ισχύ ή όχι" και δεν εντάσσονται σε εκκρεμούσα διαδικασία αδειοδότησης.
Το μητρώο αναπτύσσεται και τηρείται στην Ειδική Γραμματεία Υδάτων του ΥΠΕΚΑ, με τη μορφή συστήματος βάσης γεωχωρικών δεδομένων και υπηρεσιών, τροφοδοτείται από τις Διευθύνσεις Υδάτων των Αποκεντρωμένων Διοικήσεων που συνδέονται υποχρεωτικά με το σύστημα βάσης γεωχωρικών δεδομένων και εντάσσεται στην Εθνική Υποδομή Γεωχωρικών Πληροφοριών.
Οι αιτήσεις για την εγγραφή έως τον Μάιο κατατίθενται σύμφωνα με το σχέδιο ΚΥΑ "στην αρμόδια Υπηρεσία Περιβάλλοντος του οικείου ΟΤΑ Α' βαθμού", η οποία διενεργεί επιτόπιο έλεγχο για την εξακρίβωση της ύπαρξης ή μη του δηλωθέντος σημείου και εντός 15 εργάσιμων ημερών διαβιβάζονται στις Διευθύνσεις Υδάτων της Αποκεντρωμένης Διοίκησης.
Αυτές με τη σειρά τους πρωτοκολλούν την αίτηση, την καταχωρίζουν στο Μητρώο και εκδίδουν το πιστοποιητικό εγγραφής. Επιπλέον ορίζεται ότι "με την εισαγωγή των στοιχείων της αίτησης στο ΕΜΣΥ και τη χορήγηση πιστοποιητικού εγγραφής διασφαλίζεται για κάθε χρήστη του σημείου υδροληψίας η δυνατότητα συνέχισης της χρήσης μέχρι την αξιολόγηση από την αδειοδοτούσα αρχή της δυνατότητας ή μη έκδοσης σχετικής άδειας χρήσης νερού. Μέχρι την 30ή Σεπτεμβρίου 2014 ο ενδιαφερόμενος χρήστης κάθε ενεργού σημείου υδροληψίας υποχρεούται να προβεί σε υποβολή αίτησης για τη χορήγηση ή ανανέωση της άδειας χρήσης νερού. Η έκδοση του πιστοποιητικού εγγραφής αποτελεί προϋπόθεση για την κίνηση της διαδικασίας αδειοδότησης και δεν δεσμεύει την αδειοδοτούσα αρχή ως προς τη χορήγηση ή μη της άδειας χρήσης νερού".