Μετά τη θορυβώδη παραίτηση Βουδούρη, ήρθε και η παραίτηση του δεύτερου γενικού γραμματέα, του Βασίλη Παπαδόπουλου, ο οποίος είναι γενικός γραμματέας Μεταναστευτικής Πολιτικής. Η παραίτηση έγινε γνωστή μέσω δημοσιεύματος της εφημερίδας "Ελεύθερος Τύπος" και επιβεβαιώνεται και από το υπουργείο Μεταναστευτικής Πολιτικής. Κατά το ίδιο δημοσίευμα, πρόκειται για την τρίτη παραίτηση του Β. Παπαδόπουλου, με την πρώτη να τοποθετείται την ημέρα έναρξης της συμφωνίας Ε.Ε. - Τουρκίας και μάλιστα να υποβάλλεται στον πρωθυπουργό, τη δεύτερη στις 17 Ιουνίου στον Γ. Μουζάλα, ενώ η παρούσα -η τρίτη παραίτηση- υποβλήθηκε στις 26 Οκτωβρίου στον πρωθυπουργό Αλ. Τσίπρα και στον υπουργό Εσωτερικών Π. Κουρουμπλή.
Στην επιστολή παραίτησής του, σύμφωνα με το δημοσίευμα, ο Β. Παπαδόπουλος επικαλείται τη διαφωνία του «ως προς την εμμονή στη συνέχιση της απαρέγκλιτης εφαρμογής της συμφωνίας, η οποία εγείρει ζητήματα τόσο από απόψεως διεθνούς δικαίου προστασίας των προσφύγων όσο και από απόψεως συνεπειών στα νησιά, ιδίως του Βορείου Αιγαίου, με τη διαρκώς διογκούμενη συγκέντρωση μεταναστευτικού και προσφυγικού πληθυσμού».
Υπενθυμίζεται ότι ο Β. Παπαδόπουλος ήταν στο νεοσυσταθέν υπουργείο από την πρώτη ημέρα σύστασής του και πρόκειται ίσως για το τελευταίο στέλεχος του υπουργείου που βρισκόταν ακόμα στον τέταρτο όροφο της Σταδίου από τον Ιανουάριο του 2015. Είναι δικηγόρος και πριν από τον Ιανουάριο του 2015 συμμετείχε και στην Ομάδα Δικηγόρων για τα Δικαιώματα των Προσφύγων και Μεταναστών. Η Ομάδα Δικηγόρων κατέθεσε από τον Αύγουστο αίτηση ακύρωσης στο Συμβούλιο της Επικρατείας κατά των πράξεων που ιδρύουν τις Ανεξάρτητες Επιτροπές Προσφυγών και ορίζουν τον Κανονισμό Λειτουργίας τους. Πρόκειται για τις επιτροπές προσφυγών, των οποίων τη σύσταση άλλαξε δύο μήνες μετά την εφαρμογή της συμφωνίας Ε.Ε. - Τουρκίας η κυβέρνηση.
