Στρεβλά και περιοριστικά ερμηνεύει και εφαρμόζει η Ελλάδα την Οδηγία για την προστασία της ορνιθοπανίδας στις Ζώνες Ειδικής Προστασίας (ΖΕΠ) του Δικτύου Natura 2000. Αυτό προκύπτει από την πρόταση της γενικής εισαγγελέως Τζουλιάν Κόκοτ προς το Δικαστήριο της Ευρωπαϊκής Ένωσης μετά τη δίκη της 18ης Ιανουαρίου επί προδικαστικής παραπομπής τριών ερωτημάτων του ΣτΕ και προσφυγών κατά Κοινής Υπουργικής Απόφασης του 2012 της Ορνιθολογικής Εταιρείας, του Δικτύου Οικολογικών Οργανώσεων Αιγαίου, του Περιβαλλοντικού Συλλόγου Ρεθύμνου κ.ά. Βασικό επιχείρημα, ότι η εν λόγω ΚΥΑ αντιβαίνει σε διατάξεις της Οδηγίας 2009/147 περί της διατήρησης των πτηνών καθώς προβλέπει οριζόντια μέτρα προστασίας για όλες τις ΖΕΠ και πρωτίστως χωρίς να προστατεύεται το σύνολο των ειδών (απειλούμενα με εξαφάνιση, σπάνια, είδη που είναι ευπαθή σε ορισμένες μεταβολές των οικοτόπων τους κ.ά.) και τα αποδημητικά πτηνά με τακτική παρουσία, που περιλαμβάνονται στο σχετικό Παράρτημα, πάρα μόνον τα είδη χαρακτηρισμού μιας ΖΕΠ, εφόσον αυτά πληρούν τα αριθμητικά κριτήρια. Ως εκ τούτου, οι Μελέτες Περιβαλλοντικών Επιπτώσεων για έργα κυρίως αιολικά και δραστηριότητες σε προστατευόμενη περιοχή αγνοούν τα άλλα απειλούμενα είδη της ορνιθοπανίδας και τις επιπτώσεις στην ακεραιότητα των οικοτόπων τους.
Με τις προτάσεις της, που δημοσιοποιήθηκαν χθες, η γενική εισαγγελέας καθιστά σαφές ότι η Οδηγία περί της διατηρήσεως των αγρίων πτηνών επιβάλλει στα κράτη-μέλη την υποχρέωση να καθορίζουν για κάθε ΖΕΠ επιμέρους στόχους διατήρησης και μέτρα διατήρησης για όλα τα είδη πτηνών του παραρτήματος Ι που απαντούν εκεί και για όλα τα αποδημητικά είδη των οποίων η έλευση είναι τακτική, καθώς και για τους οικοτόπους τους. Άρα, τα κράτη-μέλη πρέπει να καθορίζουν προτεραιότητες και μπορούν, κατά τον καθορισμό των στόχων διατήρησης και των μέτρων διατήρησης, να εστιάζουν σε συγκεκριμένα είδη και στους οικοτόπους τους. Η απόφαση του Δικαστηρίου εκδίδεται κατά κανόνα σε 3-4 μήνες από την κατάθεση των προτάσεων του εισαγγελέα.
