Η έρευνα που διεξάγει ο κ. Παππάς έχει ως βάση αναφορά που έχει υποβάλλει προ μηνών σε βάρος του κ. Αγγελή η κυρία Τουλουπάκη. Σε αυτή την αναφορά της η επικεφαλής της εισαγγελίας Διαφθοράς φέρεται να κάνει λόγο για συγκεκριμένες κινήσεις του πρώην επόπτη της που στόχο είχαν να την εμποδίσουν να ολοκληρώσει γρήγορα την έρευνα για την φαρμακοβιομηχανία. Μάλιστα, η κυρία Τουλουπάκη φέρεται να αναφέρεται σε συγκεκριμένες παρεμβάσεις του κ. Αγγελή στο έργο της ακόμη και σε αλλαγή των παραγγελιών που έδινε στους επιθεωρητές δημόσιας διοίκησης.
Αναφερόμενη στο ταξίδι στη Βιέννη και στη συνάντηση του κλιμακίου Ελλήνων εισαγγελέων με ομολόγους της Αμερικανούς, αναφέρει ότι έγινε λόγος για λογαριασμό που σχετιζόταν με πολιτικό και ο κ. Αγγελής πρότεινε τα όποια στοιχεία να δοθούν μέσω Eurojust.
Στην ίδια αναφορά, η κ. Τουλουπάκη φέρεται, επίσης, να υποστηρίζει ότι ο κ. Αγγελής κατέσχεσε δύο φορές ηλεκτρονικά αρχεία τόσο για τη Novartis, όσο και για άλλες υπό διερεύνηση υποθέσεις, αλλά και τα πρωτότυπα απόρρητα έγγραφα που είχαν αποστείλει στους εισαγγελείς οι Αμερικανοί συνάδελφοί τους.
Επίσης, στην αναφορά της η εισαγγελική λειτουργός φέρεται να κάνει λόγο για ενέργειες του κ. Αγγελή που επιχείρησαν να μπλοκάρουν την ταχεία περαίωση της έρευνας, ενώ κατηγορεί τον πρώην επόπτη της, για παρεμβάσεις στο έργο της, υποστηρίζοντας ότι παρενέβαινε, αλλάζοντας τις δικές της παραγγελίες που έδινε στους επιθεωρητές δημόσιας διοίκησης.
