Σε 4.750 ευρώ μικτά ανέρχεται η μηνιαία αμοιβή του προέδρου - διευθύνοντος συμβούλου της ΝΕΡΙΤ Αντώνη Μακρυδημήτρη, σύμφωνα με την κοινή απόφαση του υφυπουργού Οικονομικών Χρήστου Σταϊκούρα και του υφυπουργού παρά τω πρωθυπουργώ Σίμου Κεδίκογλου. Τα εκτελεστικά μέλη του Δ.Σ. της ΝΕΡΙΤ θα λαμβάνουν 1.525 ευρώ (μικτά) και τα μη εκτελεστικά μέλη 300 ευρώ (μικτά). Ο ετήσιος προϋπολογισμός για τις αποδοχές της διοίκησης της ΝΕΡΙΤ ανέρχεται σε 125.000 ευρώ για το τρέχον έτος.
Αναφερόμενη σε σχετικά δημοσιεύματα η ΝΕΡΙΤ με ανακοίνωσή της επισημαίνει ότι βάσει της κείμενης νομοθεσίας οι πανεπιστημιακοί που αναλαμβάνουν κυβερνητικά αξιώματα ή τοποθετούνται στη διοίκηση δημόσιων οργανισμών τελούν υπό καθεστώς αναστολής ως προς τα ακαδημαϊκά τους καθήκοντα και τις απολαβές. Ο πρόεδρος και διευθύνων σύμβουλος της ΝΕΡΙΤ Α. Μακρυδημήτρης δεν λαμβάνει αμοιβή από το Πανεπιστήμιο Αθηνών καθ' όλη τη διάρκεια της θητείας του.