Άλλη μία καταδίκη εισέπραξε η Ελλάδα για τη λειτουργία "ληγμένου" χώρου υγειονομικής ταφής στο Εθνικό Πάρκο Ζακύνθου, όταν το 2002 είχε καταδικαστεί πάλι για την ελλιπή προστασία του βιότοπου της θαλάσσιας χελώνας. Με τη χθεσινή του απόφαση το Δικαστήριο της Ευρωπαϊκής Ένωσης έκρινε ότι "διατηρώντας σε λειτουργία στη Ζάκυνθο έναν δυσλειτουργικό και κορεσμένο χώρο υγειονομικής ταφής αποβλήτων, ο οποίος δεν πληροί τις προϋποθέσεις και απαιτήσεις της περιβαλλοντικής νομοθεσίας της Ένωσης, η Ελλάδα παρέβη τις υποχρεώσεις που υπέχει από την Οδηγία για τα απόβλητα και την Οδηγία για την υγειονομική ταφή των αποβλήτων. Εξάλλου, έχοντας ανανεώσει την άδεια λειτουργίας του συγκεκριμένου ΧΥΤΑ κατά παράβαση της νομοθεσίας της Ένωσης, η Ελλάδα παρέβη και τις υποχρεώσεις που υπέχει από την Οδηγία για τη διατήρηση των φυσικών οικοτόπων".
Ο ΧΥΤΑ λειτουργεί στη θέση Γρυπαραίικα στην περιοχή του Καλαμακίου και, σύμφωνα με ιστορικό της υπόθεσης, έτσι όπως παρατίθεται στην απόφαση, το Εθνικό Θαλάσσιο Πάρκο της Ζακύνθου έχει συμπεριληφθεί από το 2006 στις «περιοχές Natura 2000» λόγω της παρουσίας της θαλάσσιας χελώνας «Caretta-Caretta». Τα περιβαλλοντικά προβλήματα που προκαλεί από το 1999 η λειτουργία ΧΥΤΑ εντός του πάρκου έχουν σοβαρές επιπτώσεις στον φυσικό οικότοπο του συγκεκριμένου είδους χελώνας. Ο σχεδιασμός διαχειρίσεως αποβλήτων για την περιφέρεια των Ιονίων Νήσων προέβλεπε από το 2005 (έτος της προγραμματισμένης παύσεως λειτουργίας του υφιστάμενου ΧΥΤΑ) την κατασκευή νέου ΧΥΤΑ σε άλλη θέση στη Ζάκυνθο. Το 2005, ο Σύνδεσμος Διαχείρισης Στερεών Αποβλήτων Νομού Ζακύνθου πρότεινε πέντε πιθανές θέσεις για τον νέο ΧΥΤΑ (για δύο εξ αυτών, οι οποίες βρίσκονται σε ορεινή περιοχή, δόθηκε άλλωστε θετική γνωμοδότηση το 2008). Μελέτες περιβαλλοντικών επιπτώσεων για την κατασκευή του νέου ΧΥΤΑ όμως δεν υποβλήθηκαν ποτέ. Ο υφιστάμενος ΧΥΤΑ εξακολουθεί να λειτουργεί εντός του θαλάσσιου πάρκου, αν και η άδεια λειτουργίας και οι περιβαλλοντικοί όροι έληξαν το 2006. Παράλληλα με τις εργασίες αποκαταστάσεως και βελτιώσεως του χώρου, αποφασίστηκε να συνεχιστεί η διάθεση των αποβλήτων της Ζακύνθου στον υφιστάμενο ΧΥΤΑ έως την έναρξη λειτουργίας του νέου ή έως τις 31 Δεκεμβρίου 2015, ημερομηνία λήξεως της ισχύος των νέων περιβαλλοντικών όρων, η οποία ανανεώθηκε το 2011 με υπουργική απόφαση.
