Η Εθνική Λυρική Σκηνή (ΕΛΣ) ιδρύθηκε το 1939 χάρη στις ενέργειες του Κωστή Μπαστιά, συγγραφέα, δημοσιογράφου και διευθυντή του Βασιλικού (Εθνικού) Θεάτρου επί κυβέρνησης Μεταξά. Τα προηγούμενα 150 χρόνια η μελοδραματική τέχνη άνθιζε στα μη τουρκοκρατούμενα Επτάνησα, που βρίσκονταν σε στενή συνάφεια με τη δυτικοευρωπαϊκή κουλτούρα. Στο ανεξάρτητο ελληνικό κράτος λειτουργούσε επί μισό αιώνα ο σημαντικότερος εγχώριος ιδιωτικός θίασος όπερας, που έμεινε γνωστός ως Ελληνικό Μελόδραμα (1888-1943).
Στην αρχή η Λυρική Σκηνή λειτούργησε ως τμήμα του Βασιλικού Θεάτρου, δίνοντας παραστάσεις στη σκηνή του νεοκλασικού της Αγίου Κωνσταντίνου. Εκεί, παράλληλα με την όπερα, από την αρχή καλλιεργήθηκε η οπερέτα και ο χορός. Συνδυάζοντας τις τρεις τέχνες, ανέβηκε ως πρώτη παράσταση η οπερέτα « Η νυχτερίδα» του Γιόχαν Στράους του νεότερου και ως πρώτη όπερα η «Μαντάμα Μπατερφλάι» του Πουτσίνι. Με αυτόν τον θίασο έκανε τα πρώτα της καλλιτεχνικά βήματα η νεαρή Μαρία Καλογεροπούλου (Κάλλας) ερμηνεύοντας πρωταγωνιστικούς ρόλους σε όπερες όπως: «Τόσκα» του Πουτσίνι, «Φιντέλιο» του Μπετόβεν, «Ο κάμπος» του Ντ’ Αλμπέρ και «Ο πρωτομάστορας» του Μανώλη Καλομοίρη.
Το 1944, πριν από την απελευθέρωση, ο θίασος αυτονομήθηκε και ξεκίνησε την πορεία του ως Νομικό Πρόσωπο Δημοσίου Δικαίου με την επωνυμία Εθνική Λυρική Σκηνή. Στεγάστηκε αρχικά στο πρώτο Θέατρο Ολύμπια της οδού Ακαδημίας και έκανε έναρξη με την όπερα «Ρέα» του Κερκυραίου συνθέτη Σπυρίδωνος Σαμάρα και πρώτο διευθυντή τον συνθέτη Μανώλη Καλομοίρη.
Το 1958 εγκαινιάστηκε το νέο Θέατρο Ολύμπια, στην ίδια θέση με το παλαιότερο, με την «Αΐντα» του Βέρντι. Ακολούθησε περίοδος άνθησης, κατά την οποία το ρεπερτόριο της ΕΛΣ διευρύνθηκε. Κάθε καλλιτεχνική περίοδος περιλάμβανε περίπου 20 παραγωγές. Συνολικά ανέβηκαν περίπου 30 έργα σε πρώτη παρουσίαση, καλύπτοντας όλες τις εποχές και όλες τις σχολές. Σημαντικές παραστάσεις πραγματοποιήθηκαν στο Ηρώδειο και στην Επίδαυρο με πρωταγωνίστρια τη Μαρία Κάλλας.
Παρά την ανακοπή της καλλιτεχνικής πορείας της ΕΛΣ από την επιβολή της δικτατορίας το 1967, μετά την αποκατάσταση της Δημοκρατίας το 1974 μια νέα γενιά Ελλήνων καλλιτεχνών τής χάρισε νέα δυναμική. Στα χρόνια της Μεταπολίτευσης, παρά τις οικονομικές και θεσμικές δυσκολίες, το καλλιτεχνικό της έργο διασφαλίστηκε. Το 1994 η ΕΛΣ μετατράπηκε σε Νομικό Πρόσωπο Ιδιωτικού Δικαίου. Σταδιακά ξεκίνησε συμπαραγωγές με σημαντικές σκηνές του εξωτερικού, πλούτισε το ρεπερτόριο, αναβάθμισε τα θεάματα και τη διεθνή προβολή της, ενώ μέσα από διάφορες δράσεις σε όλη τη χώρα διεύρυνε το κοινό της.
Στις 23 Φεβρουαρίου 2017 το Κέντρο Πολιτισμού Ίδρυμα Σταύρος Νιάρχος παραδόθηκε στο Ελληνικό Δημόσιο. Έκτοτε οι παραστάσεις της ΕΛΣ γίνονται πλέον στους δύο χώρους του, την Αίθουσα «Σταύρος Νιάρχος» και την Εναλλακτική Σκηνή, όπου οι εγκαταστάσεις και τα μέσα είναι πλήρως αναβαθμισμένα. Μειονέκτημα θεωρήθηκε η απομάκρυνση της ΕΛΣ από το κέντρο της πόλης.
