Το Ελληνικό Κέντρο Θαλάσσιων Ερευνών (ΕΛΚΕΘΕ) και το Ινστιτούτο Αλιευτικής Έρευνας (ΕΘΙΑΓΕ - ΙΝΑΛΕ) ορίζονται ως οι αρμόδιοι φορείς για την παρακολούθηση της ποιότητας των θαλάσσιων υδάτων, σύμφωνα με Κοινή Υπουργική Απόφαση (Οικονομίας και Ανάπτυξης, Περιβάλλοντος και Ενέργειας, Αγροτικής Ανάπτυξης).
Τους φορείς εποπτεύει, συντονίζει, αξιολογεί και ελέγχει η Ειδική Γραμματεία Υδάτων του υπουργείου Περιβάλλοντος και Ενέργειας "ώστε, με συνεχή εκτίμηση της περιβαλλοντικής κατάστασης των θαλάσσιων υδάτων, να λαμβάνονται μέτρα για την επίτευξη της καλής περιβαλλοντικής κατάστασης των θαλάσσιων υδάτων στο πλαίσιο της εθνικής στρατηγικής για τη θάλασσα", όπως αναφέρει σχετική ανακοίνωση του ΥΠΕΝ.
Η ΚΥΑ "πατάει" σε προγενέστερη απόφαση του αναπληρωτή ΥΠΕΝ Σ. Φάμελλου περί «Έγκρισης των προγραμμάτων παρακολούθησης για τη συνεχή εκτίμηση της περιβαλλοντικής κατάστασης των θαλάσσιων υδάτων του άρθρου 11 του Ν. 3983/2011 (Εθνική στρατηγική για την προστασία και διαχείριση του θαλάσσιου περιβάλλοντος σε εναρμόνιση με την Οδηγία 2008/56)".
Τα παραπάνω προγράμματα περιλαμβάνουν πληροφορίες για το δίκτυο των σημείων παρακολούθησης, τη συχνότητα των δειγματοληψιών και το είδος των προς παρακολούθηση επιμέρους επιστημονικών παραμέτρων (κριτήρια, δείκτες κ.ά.). Συνολικά καθορίζονται 306 σημεία παρακολούθησης, εκ των οποίων 44 βρίσκονται σε θαλάσσιες περιοχές Natura.
Τα προγράμματα παρακολούθησης οφείλουν να καλύπτουν τις απαιτήσεις των 11 τον αριθμό χαρακτηριστικών της ποιοτικής περιγραφής προκειμένου να προσδιοριστεί "η καλή περιβαλλοντική κατάσταση" των θαλάσσιων υδάτων.
