Τη διαφωνία τους με το εύρος των αλλαγών που προτείνει ο ΣΥΡΙΖΑ για το άρθρο 3 του συντάγματος που αφορά τις σχέσεις κράτους και Εκκλησίας εξέφρασαν αρκετά στελέχη του ΣΥΡΙΖΑ, υπερασπιζόμενα τον πλήρη διαχωρισμό Εκκλησίας - Πολιτείας. Ο πρώην υπουργός Παιδείας Νίκος Φίλης εκτίμησε ότι «ο ΣΥΡΙΖΑ επιχειρεί μια περιορισμένη και άτολμη αλλαγή, παρότι το αίτημα του χωρισμού κράτους-Εκκλησίας επιδοκιμάζεται από τη μεγάλη πλειοψηφία». Ο Ν. Φίλης μίλησε για ένα «ώριμο κοινωνικό αίτημα», που έχει προκαλέσει την «κινδυνολογική έκρηξη των συντηρητικών κύκλων, των τα φαιά φορούντων, κυριολεκτικώς και μεταφορικώς”.
Ο Ν. Φίλης επικαλέστηκε δημοσκοπήσεις που δείχνουν υψηλά ποσοστά αποδοχής από τους πολίτες για τον χωρισμό κράτους-Εκκλησίας και για ένα εκκοσμικευμένο κράτος, αλλά και υπέρ της καύσης των νεκρών και του να μην είναι οι ιερείς δημόσιοι υπάλληλοι. Επίσης, υπογράμμισε με νόημα ότι «δεν θέλουμε ένα θρησκευόμενο κράτος και μια πολιτευόμενη Εκκλησία. Δεν θέλουμε να μετατρέπονται οι θρησκευτικοί ηγέτες σε πολιτικούς και πολιτειακούς παράγοντες, ούτε πολιτικούς αρχηγούς, υπουργούς πρόθυμους να ανατρέψουν την κυβέρνηση αν τους το επιτρέψει ο αρχιεπίσκοπος».
Ο ευρωβουλευτής του ΣΥΡΙΖΑ Στέλιος Κούλογλου τάχθηκε υπέρ του «πλήρους διαχωρισμού Εκκλησίας - κράτους», εκτιμώντας ότι «η κυβέρνηση δεν μπορούσε να αντέξει ακόμη μία μετωπική σύγκρουση μετά τη Συμφωνία των Πρεσπών». Αναφερόμενος στη συμφωνία Πολιτείας - Εκκλησίας, ο Στ. Κούλογλου σημείωσε ότι «το θετικό είναι ότι μπαίνει το ζήτημα της αξιοποίησης της εκκλησιαστικής περιουσίας», καθώς και ότι «δεν αποτελούν πια οι ιερείς μέρος του στενού δημόσιου τομέα. Αυτό επιτρέπει να γίνουν παραπάνω προσλήψεις προσωπικού».
Ο βουλευτής του ΣΥΡΙΖΑ Γιώργος Κυρίτσης ξεκαθάρισε ότι είναι μεταξύ εκείνων που «θα επιθυμούσαν μια πιο τολμηρή κίνηση στην κατεύθυνση του πλήρους διαχωρισμού της Εκκλησίας από το κράτος», παρατηρώντας ότι «ακόμα και η ελλιπής παρέμβαση με την κατοχύρωση της θρησκευτικής ουδετερότητας του κράτους είναι ένα κρίσιμο βήμα, το οποίο πρέπει να τολμήσουμε». Η βουλευτής του ΣΥΡΙΖΑ Αννέτα Καββαδία σχολίασε σχετικά με το άρθρο 3 ότι «ναι, εμείς θέλουμε να φτάσει και πέρα από την υπό συζήτηση πρόταση, στον πλήρη διαχωρισμό κράτους και Εκκλησίας».
